El juego sigue los acontecimientos de la muerte de Superman a partir del momento en que los Underworlders (liderados por Clawster) hacerse cargo de la Central de Metropolis para el regreso de Superman y la derrota del Cyborg. Otros héroes como Linterna Verde, y la Liga de la Justicia se omiten en el juego (aunque la liga se menciona en una escena) y otros enemigos notables como Mongul también están ausentes de la trama. Mientras que una imagen de un Superman sin alimentación está presente en el juego, el jugador nunca llega a la batalla con Superman en este formulario.

Los eventos que tienen lugar en el juego son: el ataque del Underworlder en la planta de energía, la apariencia del día del juicio final y la derrota / victoria contra Superman (Doomsday es dos veces luchó contra como un personaje jefe), el asalto del Cyborg de Cadmo para recuperar el cuerpo de Doomsday, el batalla entre el Eradicator y del Acero, la destrucción de la ciudad de la costa y la posterior lucha entre el Eradicator y el Cyborg, la lucha de Superboy en contra del Cyborg, asalto de acero en la ciudad del motor, el asalto de Superboy en el misil con destino a Metrópolis, la destrucción de acero de Motor City, y la batalla final de Superman con el Cyborg.